程序文件归档是指将 处理完毕且具有保存价值的程序文件经过系统整理后，交档案室（馆）保存备案（备查）的过程。归档是国家规定的一项制度，也称为“归档制度”。具体来说，归档文件包括立档单位在其职能活动中形成的、办理完毕、应作为文书档案保存的各种纸质和电子文件材料。
归档的目的是为了保持文件之间的有机联系，区分不同价值，便于保管和利用。归档文件整理包括将文件以件为单位进行组件、分类、排列、编号、编目等操作，对于纸质文件还包括修整、装订、编页、装盒、排架等步骤，对于电子文件则包括格式转换、元数据收集、归档数据包组织、存储等。
归档文件整理的原则和方法遵循《机关文件材料归档范围和文书档案保管期限规定》（国家档案局令第8号）以及《归档文件整理规则》（DA/T22-2015）。通过归档，可以确保程序文件的安全性、可靠性和可追溯性，便于在需要时快速恢复设备的正常运行状态。