补办合作医疗卡的程序如下：
挂失
口头挂失：发现农合卡丢失后，应第一时间前往当地的农合服务中心或者卫生院进行口头挂失，以防止他人冒用卡内资金。
正式挂失：口头挂失后，需要到当地的农合服务中心或者卫生院填写《农村合作医疗卡补办申请表》，并提供身份证明、户口簿等证明材料进行正式挂失。
提交补办申请
填写《农村合作医疗卡补办申请表》，并提交相关证明材料，如身份证、户口簿等。
缴纳补办费用
根据当地规定缴纳一定的补办费用，费用标准因地区而异，具体可以咨询当地的农合服务中心或者卫生院。
等待领取新卡
提交补办申请并审核通过后，可以领取新的农合卡。一般情况下，补办新卡的时间需要5-10个工作日，具体时间因地区而异。
领取新卡
按照农合办的通知，携带本人身份证和《领卡证明》到指定的社保卡服务网点领取新卡。
建议：
在补办前，最好先咨询当地农合办或相关机构，了解具体的补办流程和所需材料，以确保补办过程顺利。
如果因特殊情况无法亲自办理，可以委托他人代办，但需提供委托书和双方的身份证原件及复印件。