军事司法程序主要包括以下几个阶段：
调查与起诉
调查：对涉嫌违反军纪的军人进行详细调查，收集证据。
起诉：调查结束后，若证据充分，检察机关会向军事法庭提起起诉。
审判
庭前准备：包括法庭布置、证据展示、双方律师陈述等准备工作。
开庭审理：在法庭上，控辩双方平等对抗，被告可以聘请军事辩护人或经军事审判法庭许可的民间律师担任辩护人。
判决：军事审判采用当事人主义，注重控辩双方的平等对抗，最终由法官根据证据和法律规定作出判决。
上诉
一审判决：被告如对一审判决不服，可以在规定时间内向上级军事法院提起上诉。
二审审理：上级军事法院对上诉案件进行审理，可以维持原判或改判。
此外，军事司法程序还包括一些特殊的程序，例如即决审判程序：
即决审判：由被告的指挥官、该指挥官授权的下级军官或者上级指挥官充当纪律审判官员，对违反军纪的军人实施调查、审判并决定被告有罪与否的一种准司法程序。若被告被指控的罪行成立，纪律审判官员有权依据《军事审判法》对被告进行相应处罚。
建议在实际操作中，军事司法程序应严格遵循《军事审判法》和相关法律法规，确保公正、公平和公开。