计算机硬件系统中，用来控制程序运行的部件是 控制器。控制器是计算机的核心部件之一，负责协调和管理计算机系统中的各种硬件和软件资源，以实现计算机系统的正常运行。它由程序计数器、指令寄存器、指令译码器、时序产生器和操作控制器组成，是发布命令的“决策机构”，即完成协调和指挥整个计算机系统的操作。
在冯·诺依曼架构中，控制器与运算器合称为中央处理器（CPU），是计算机硬件系统的五大部件之一。CPU的主要功能包括指令解码、算术逻辑单元（ALU）执行、寄存器存储、控制单元协调以及主存储器（RAM）的读写操作等。
因此，控制程序运行的部件是 控制器。