编译Java程序的文件是 .java文件。Java源代码文件以.java为扩展名，这是Java编译器（javac）编译的目标文件。编译过程将Java源代码转换为平台无关的字节码文件，这些字节码文件以.class为扩展名。Java虚拟机（JVM）能够理解并执行这些字节码文件。
1. 使用文本编辑器（如Edit或记事本）编写Java源代码，并将文件保存为.java扩展名。
2. 打开终端或命令提示符，使用javac命令编译源文件，生成.class字节码文件。
3. 运行Java程序时，使用java命令，并指定要执行的.class文件。
例如，如果你有一个名为HelloWorld.java的Java源文件，你可以通过以下命令编译它：
```sh
javac HelloWorld.java
```
如果编译成功，会在当前目录下生成一个名为HelloWorld.class的字节码文件，你可以通过以下命令运行它：
```sh
java HelloWorld
```
总结：
编译Java程序的文件是.java源代码文件。
编译过程生成.class字节码文件。
运行Java程序时使用的是.class文件。