程序中滤波的主要缺点包括：
无法抑制周期性干扰
滤波器通常只能有效应对偶然因素引起的脉冲干扰，但对于周期性的干扰效果不佳。
平滑度差
滤波器在平滑数据的同时，可能会引入一定的滞后，导致对快速变化的参数（如流量、速度等）的响应不够迅速和准确。
对快速变化参数的局限性
对于需要快速响应的参数，如流量和速度，滤波器可能无法及时跟踪其变化，导致系统性能下降。
依赖经验判断
某些滤波方法（如限幅滤波法）需要根据经验设定允许的最大偏差值，这增加了应用的复杂性和不确定性。
占用资源
数字滤波虽然不需要硬件支持，但需要占用单片机的计算和存储资源，这在资源受限的情况下可能成为一个限制因素。
可能的误判
在某些情况下，如计数器溢出时采样到的值恰好是干扰值，滤波器可能会将干扰值当作有效值导入系统，从而影响系统的准确性。
综上所述，选择合适的滤波方法需要根据具体应用场景和需求进行权衡，以确保系统能够在各种干扰条件下稳定运行。