南京办理退休的程序如下：
准备材料
身份证
户口本
照片
退休申请书
相关证明材料（如劳动合同、社保参保证明、工资证明等）
申报
单位经办人：在职工达到国家法定退休年龄前1个月，携带规定资料前往社保机构办理退休手续。
灵活就业人员：通过江苏省人力资源和社会保障厅网上办事服务大厅或省人社一体化信息平台进行申报。
审核与档案
单位或退休代理机构在申报次日起的2个工作日内将办理退休所需材料报送至档案受理窗口，窗口受理后出具《受理通知书》，退休审批部门将在受理后20个工作日内作出审批意见。
退休人员档案需按规定装订成册，并送至相关部门进行审核和盖章确认。
缴纳费用
办理退休人员需缴纳社会化管理服务费，具体标准根据身份不同而有所差异（如用人单位办理退休的，每人一次性1500元）。
待遇核定与领取
审核通过后，社保局将在受理的次月15日前将养老金拨付到退休人员所开设的农行养老金存折，退休人员凭存折到农行各网点领取。
需要注意的是，办理退休手续的人员还需要进行一次全面的身体检查，以确保身体健康状况。
其他相关手续
若医保没有达到规定年限，需要到医保中心补缴医保费用。
办理“退工停保”手续，确保在参保人员到达选择退休时间当月已实际缴费成功。
建议提前了解并准备好所有相关材料，选择合适的时间进行申报，以确保退休手续顺利进行。