药材遴选程序包括以下步骤：
挑选
清除药材中的杂质或将药材按大小、粗细分类。
除去非药用部位，例如根与根茎类药材要除去残留茎基、叶鞘及叶柄等，鳞茎类药材要除去须根和残留茎基，全草类药材要除去其他杂草和非入药的根或根茎，花类药材要除去霉烂或不合乎药用要求的花类，茎类药材要除去细小的茎和叶，果实类药材要除去霉烂及不合乎药用要求的果实，种子类药材要除净果皮和不成熟的种子。
筛选
根据药材和杂质体积大小不同，选用不同规格的筛子以筛除药材中的泥沙、地上残茎残叶等。
可以用手工筛选，也可以用机械筛选，筛孔的大小可根据不同要求进行选择。
多用于块茎、球茎、鳞茎、种子类药材的净选除杂。
风选
利用药材和杂质的比重不同，借助风力将杂质除去。
一般可用簸箕或风车进行，可除去果皮、果柄、残叶和不成熟的种子等。
多用于果实、种子类药材的产地初加工。
水选
通过水洗或漂的方法除去杂质。
有些药材杂质用风选方法不易除去，可以通过水选方法除去泥土、干瘪物等。
多用于植物种子类净选。
这些步骤确保了药材在遴选过程中的质量和纯净度，从而满足药用要求。