股权代持核查程序主要包括以下几个步骤：
股东说明情况
向股东说明股权代持的情况，明确股权代持对公司发展的危害性，以及信息披露的重要性。
中介机构介入
请中介公司介入，根据股东说明的情况进行核查，并提出股权还原的解决方案。
核查内容
访谈核查：通过访谈公司股东和管理层，了解代持方、被代持方、代持股权比例、代持原因、目前清理进度等基本情况。
材料核查：结合公司工商内档、股权代持协议、资金流水和完税凭证等进行双向认证。
重点审查
审查股权代持协议，包括主体资格、出资资料、代持股协议、出资证明、验资证明、股东会决议、公司登记资料等。
询问隐名股东和显名股东是否有恶意串通、逃避债务、转移资产的行为，并告知相关法律责任。
公证审查
受理公证申请的公证机关审查申请人提供的身份证明材料、代持协议、股权证明等相关材料的真实性和合法性。
核查结论
主办券商及律师根据核查结果，认为公司及持股平台历史上的股权、出资份额代持形成具有合理性，入股价格公允，不存在通过代持等方式规避强制性规定或股东适格性要求的情形。
通过以上步骤，可以全面了解股权代持的情况，确保其合法性和透明度，并提出相应的解决方案。建议在核查过程中，保持与股东的充分沟通，确保信息的准确性和完整性。