小程序运营存在以下缺点：
缺乏延伸性
小程序运营者如果缺乏专业数据分析能力，提供的数据信息可能无效，无法带来服务延伸性。这包括不了解用户感兴趣的“产品”和不清楚用户购买方式。
缺乏裂变性
小程序平台本身流量较少，如果不进行引流和搭建私域流量，小程序很难活跃起来。即使有“流量优势”，没有运营者的有效引导，裂变性也很难产生。
缺乏转化性
小程序虽然具有助力和扶持作用，但如果运营者无法正确导向，对于开发商来说就是“鸡肋”，导致用户购买率低，无法实现转化。
缺乏曝光性
小程序很难自动展现给用户，如果不通过公众号嵌入、用户主动搜索或在附近小程序上推广，曝光率会非常低。没有适当的推广和运营，小程序的曝光率低，不具优势。
大小限制
小程序的大小限制在2MB（通过分包技术可扩展至20MB），无法开发大型复杂的应用。这对需要高交互或多媒体内容的应用来说是一个挑战。
功能受限
由于微信的政策和技术限制，小程序无法发布某些特定的敏感内容，限制了业务的拓展。此外，小程序的样式单一，官方组件的样式设定无法自由修改，影响了品牌的个性化展示。
用户留存率低
小程序的“即用即走”特性导致用户留存率相对较低。商家需要通过其他方式提高用户的回访率。
推广复杂
小程序的外链分享设置较为限制，每个外链需要添加到后台的“开发设置”中，增加了推广的复杂性。同时，小程序无法直接分享到朋友圈，这对商家的推广方式造成了一定的局限。
技术稳定性与性能优化
小程序的稳定运行是保障用户体验的关键，但由于技术架构、服务器负载等原因，小程序可能会出现卡顿、闪退、加载缓慢等问题。性能优化也是一个持续的挑战。
数据分析与精准营销
小程序的数据分析能力有限，运营者可能无法获取有效的用户行为数据，从而难以进行精准营销。
过度依赖第三方平台
虽然借助第三方平台可以快速获得流量和用户，但过度依赖也会带来很多问题，如第三方平台算法变化可能导致流量大幅下降，增加企业的运营成本和风险。
忽视用户体验
很多企业在开发小程序时，过于注重功能和技术实现，而忽视了用户体验。这导致小程序在使用过程中存在诸多不便，如加载速度慢、操作复杂等。
缺乏明确的定位和目标
很多企业在开发小程序时，往往没有明确的定位和目标，导致小程序在功能设计、用户体验等方面存在问题，无法吸引和留住用户。
企业运营中的小程序痛点
包括技术壁垒、运营成本高、数据孤岛、用户体验等问题。技术门槛高、开发周期长、后期维护复杂等问题，常常让企业望而却步。此外，推广和运营需要持续投入资金，数据孤岛问题也导致信息无法流通。
这些缺点在一定程度上制约了小程序的运营效果和商业价值，企业在运营小程序时需要特别注意并寻求解决方案。