诱变育种的基本程序包括以下几个步骤：
处理材料的选择
选择适当的生物材料作为诱变育种的出发菌株或处理对象。
诱变剂量的选择
根据需要选择合适的诱变剂量，以获得最佳的诱变效果。
处理群体的大小
根据突变率和M2群体大小来确定处理材料群体的大小。
后代种植和选择
M1的种植与处理：诱变一代（M1）由于受到诱变因素的抑制和损伤，通常不进行选择，而是以单株、单穗或以处理为单位收获。
M2及后代的种植和选择：M2是变异最大的世代，也是选择的关键时期。根据育种目标及性状遗传特点选择优良单株（穗）。多数变异是不利的，但也能出现有益变异，如早熟、杆矮、抗病、抗逆、品质优良等。变异频率约为0.1~0.2%。
M3及以后世代的选择：随着世代的增加，性状分离减少，有些性状一经获得即可迅速稳定。经过几个世代的选择就能获得稳定的优良突变系，再进一步试验育成新品种。具有某些突出性状的突变系，还可用作杂交亲本。
筛选方法
使用高效的筛选方法，如紫外线诱变育种中常用的15W紫外线杀菌灯，波长为253-265nm，灯与处理物的距离为30cm，照射时间依菌种而异，一般为几秒至几十分钟。
诱变方法
物理诱变：应用较多的是辐射诱变，即用α射线、β射线、γ射线、Χ射线、中子和其他粒子、紫外辐射以及微波辐射等物理因素诱发变异。
菌种鉴定与生产性能试验
对诱变后的菌株进行鉴定，确保其遗传稳定性，并进行生产性能试验，评估其经济价值。
通过以上步骤，可以有效地进行诱变育种，获得具有优良性状的新品种。建议在实际操作中，根据具体的育种目标和条件，灵活调整诱变剂量和处理方式，以达到最佳效果。