刷波箱程序是否收费取决于多种因素：
4S店的服务政策
一般情况下，4S店会提供免费升级变速箱程序的服务，不需要额外支付费用。
然而，有些情况下可能需要付费，例如连工带料，加上变速箱油等，费用可能高达两万元左右。这是因为升级变速箱程序可能需要购买更高级别的变速箱零件，并进行安装和调整，费用会根据具体车型和升级内容而定。此外，不同地区价格也可能有差异。
升级内容
如果升级内容较为简单，例如仅改善变速箱的换挡平顺性，可能不需要额外收费。
如果升级内容较为复杂，例如需要更换高级变速箱零件或进行更深入的技术调整，则可能需要支付额外费用。
车型和变速箱类型
不同车型和变速箱类型的升级费用可能不同。一些高端车型或特殊变速箱类型的升级费用可能会更高。
地区差异
在不同地区，4S店提供的服务和收费标准可能会有所不同。一些地区可能由于市场竞争或政策原因，提供免费升级服务，而其他地区则可能收费。
建议：
如果您考虑升级变速箱程序，建议先咨询当地4S店，了解他们的具体服务内容和收费标准。
可以选择免费服务进行升级，以节省费用；如果需要更高级的升级服务，则应提前了解费用情况，并做好预算。