责令退运程序通常包括以下步骤：
责令决定
海关在查验货物或发现其他需要退运的情况后，会做出责令直接退运的决定或意见。
申请退运手续
企业或货物收发货人需要到现场海关申请办理直接退运申报手续。
初步审核
现场海关会对申请进行初步审核，如果符合相关规定，会同意企业办理报关手续。
申报流程
企业需要按照先申报出口后申报进口的顺序向现场海关申报。
海关工作时限
自受理申请之日起20日内（特殊情况可延长10日）做出准予或不准予直接退运的决定。
验货与审批
单据交给关员后，如果海关提出验货，则先验货。验货结束后，关员填写直接退运审批表，提交科长、处长三级审批。
单据处理
审批结束后，将单据分成进口和出口两票，同时预录。刷卡待现场交单后，先申报出口。待出口放行后，将放行单付在进口单据上递给负责进口退运的关员。
特殊情况
对于违反国家有关法律、行政法规的货物，海关会依法责令直接退运，且不需要提供进出口许可证或其他监管证件，各种税费及滞报金也免予征收。
总结：
责令退运程序涉及海关的责令决定、企业的申请与审核、申报流程以及相关的验货与审批环节。整个流程旨在确保货物在不符合规定或存在质量问题时能够按照规定的程序进行退运。