协议出让土地使用权的程序主要包括以下几个步骤：
用地者向政府申请取得出让土地使用权 ：用地者需要向政府提交申请，请求取得国有土地使用权。
协商并草签土地使用权出让合同
用地申请经政府同意后，用地者与政府就出让土地的用地面积、使用年限、出让地价等用地条件进行协商。
双方达成一致后，草签土地使用权出让合同。
审批土地使用权出让合同
合同草签完毕后，用地者需持有关材料报有批准权限的政府审批，以获得正式的土地使用权出让批准。
支付出让金并办理土地登记
土地使用权受让人按照合同约定支付土地使用权出让金。
政府在收到出让金后，按合同约定提供土地使用权，并协助办理土地登记的相关手续。
公开出让信息，接受用地申请，确定供地方式
县国土资源行政主管部门根据相关计划和土地市场状况，编制并公布国有土地使用权供地计划。
计划公布后，意向用地者可以提出用地申请，供地方式将根据申请情况确定，若只有一个意向用地者，可采取协议方式出让；若有多个意向用地者，则转入招标、拍卖或挂牌方式出让程序。
编制协议出让方案并确定底价
县国土资源行政主管部门会同相关部门，依据供地计划、城市规划和意向用地者的申请，制定协议出让方案。
在宗地评估的基础上，确定协议出让底价，该底价不得低于国家规定的最低价，并需保密。
协议出让方案与底价报批
将协议出让方案和底价报县人民政府审批。
签订出让意向书并进行公示
县国土资源行政主管部门与意向用地者就土地出让价格进行充分协商，达成一致且价格不低于协议出让底价的，签订《国有土地出让意向书》。
意向书签订后，意向出让地块的位置、用途等信息将进行公示。
办理国有土地使用权转让手续
转让方和受让方需签订国有土地使用权转让合同，并办理相关的转让手续。
转让方需提交转让申请，经国土部门审查批准后，受让方需缴纳土地出让金或办理相关手续，并领取国有土地使用证。
这些步骤确保了协议出让过程的公开、公平、公正和诚实信用，同时保障了土地使用权的合法合规转让。建议在实际操作中，各方应严格按照相关法律和规定执行，确保整个过程的透明和规范。