检察院在决定是否起诉犯罪嫌疑人时，需要遵循以下程序：
案件接收与初步审查
检察院首先接收公安机关或监察机关移送的案件。
对案件材料进行完整性、合法性和证据充分性进行初步审查。
告知权利与听取意见
告知犯罪嫌疑人及其法定代理人有权委托辩护人。
听取犯罪嫌疑人的供述和辩解，以及辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见。
深入审查与补充侦查
对犯罪事实、证据和法律适用进行深入研究。
如发现证据不足或需要进一步侦查，可以要求公安机关或监察机关补充侦查，或自行侦查。补充侦查以两次为限，每次补充侦查后重新计算审查起诉期限。
作出起诉或不起诉决定
根据案件情况，决定是否向人民法院提起公诉。
如果犯罪事实清楚、证据确实充分，依法应当追究刑事责任的，作出起诉决定。
如果认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或犯罪情节显著轻微不需要追究刑事责任，或证据不足无法认定犯罪嫌疑人犯罪的，作出不起诉决定。
提起公诉与移送案卷
向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据一并移送。
如果犯罪嫌疑人认罪认罚，检察院应提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
补充侦查与重新审查
在补充侦查后，检察院需重新审查案件，确保事实清楚、证据确实充分。
如补充侦查后仍不符合起诉条件，检察院可作出不起诉决定。
内部讨论与检委会审议
办案检察官制作不起诉审查报告，提交部门内讨论。
讨论通过后，提交检委会审议。
检委会审议决定不起诉的，需制作不起诉决定书。
通过以上程序，检察院确保在提起公诉前对案件进行全面、严格的审查，以保障司法公正和法律的正确实施。