Java程序主要使用的编码方式是 Unicode编码。Unicode是一种针对全球所有字符的国际标准编码系统，它使用唯一的编码值来表示每一个字符，无论是英文字母、标点符号、数字，还是其他语言的字符都可以用Unicode编码表示。在Java中，我们可以使用String类来表示字符串，并且Java字符串是基于Unicode编码的。
具体来说，Java中的char类型使用Unicode编码，每个char类型的变量可以表示一个Unicode字符。而Java的String类型是使用UTF-16编码的，UTF-16是Unicode字符集的一种编码方案，它使用16位或32位的编码表示字符。
此外，Java程序在处理文件、网络传输等场景时，也可以选择不同的编码方式，例如ASCII编码、GBK编码、GB2312编码和UTF-8编码等。但在大多数情况下，推荐使用UTF-8编码，因为它是一种变长的字符编码方式，可以表示Unicode字符集中的所有字符，包括汉字，并且兼容ASCII编码。
可以通过以下代码将Java的默认编码设置为UTF-8：
```java
System.setProperty（"file.encoding", "UTF-8"）；
```
这样可以确保在处理包含汉字等字符的文本时，Java程序能够正确地读取和显示这些字符。