船舶发证程序通常包括以下几个步骤：
申请受理
申请人向当地海事管理机构提交申请材料。
海事管理机构审查材料决定是否受理，并及时报送发证海事管理机构。
审核准备
发证海事管理机构确定审核时间、安排审核组，并提供公司安全运行情况书面材料。
审核实施
通过文件审核、活动审核、代表船审核等方式进行审核。
多次召开内部会议分析汇总问题，并与公司充分沟通后形成审核报告。
发证
发证海事管理机构审查相关材料后决定是否发证。
同意则颁发《符合证明》，不同意则送达《不予海事行政许可决定书》。
纠正措施验证
公司分析原因采取措施纠正，并向发证海事管理机构申请验证。
发证海事管理机构负责组织验证。
年度审核与签注
申请受理和纠正措施验证同初次审核相关规定。
根据审核结果决定是否给予年度签注，同意则颁发签注，不同意则办理证书注销手续。
此外，具体流程可能因地区和船舶类型而有所不同。例如，在四川省，船舶初次检验、特别检验和船长15米（含）以上、40马力（含）以上的船舶的各类检验由海事处初审后报市船检所检验发证，而船长15米以下、40马力以下船舶的年度检验由海事处受理检验发证。
建议在申请船舶发证时，详细查阅当地海事管理机构的相关规定和流程，以确保材料齐全、格式规范，并按时提交申请。