科目三灯光操作程序如下：
夜间行驶开启灯光
当听到“请开启夜间行驶灯光”指令后，应开启前照灯、示廓灯和后位灯。
夜间在没有路灯、照明条件不良条件下行驶
在夜间没有路灯、照明条件不良的条件下行驶时，应先开启前照灯、示廓灯和后位灯，然后将前照灯变换为远光灯。
通过急弯、坡道、拱桥、人行横道或者没有交通信号灯路口
当听到“通过急弯、坡道、拱桥、人行横道或者没有交通信号灯路口”指令时，应交替使用远、近灯光示意（交替变换两次）。
夜间会车时灯光使用
当听到“请将前照灯变换为远光灯”指令后，将灯光变换为远光灯；当处于远光灯状态时，再听到“请与对方来车进行夜间会车”指令，应将远光灯变换为近光灯。
夜间直行通过路口
夜间直行通过路口时，应使用近光灯。
模拟夜间超车
先开启左转向灯，然后交替使用远近光灯不少于2次，再开启右转向灯。
其他特定情况
在夜间和机动车会车的时候，需要开启近光灯。
夜间行驶在急弯、坡路、拱桥、人行道和没有交通信号灯的路口时，要交替使用远近光灯。
雾天行驶时，应打开雾灯和危险报警闪光灯。
夜间在道路上发生故障，妨碍交通又难以移动的，应打开示轮廓灯和危险报警闪光灯。
建议在考试前与教练充分练习，确保熟悉并掌握这些灯光操作程序，以便在考试中能够迅速、准确地完成相应操作。