农田复耕的程序主要包括以下几个步骤：
提出申请
申请人向当地国土资源部门或农业农村部门提出复耕申请，并提交必要的申请材料，如土地权属证明、土地现状报告等。
受理与审核
受理人员核验申请材料，当场作出受理决定。如果申请人符合申请资格且材料符合法定形式，则予以受理。
审查人员对材料进行审查，并在规定时间内（如20个工作日）作出审查决定。
现场勘查与方案制定
相关部门对申请复耕的土地进行实地勘查，了解土地现状，包括是否存在建筑物、附着物等情况，确定复耕的可行性。
根据勘查结果制定复耕方案，内容包括拆除现有建筑物和清理杂物的计划、土地平整方式、土壤改良措施等。
清理与拆除
经批准后，申请人需对土地上的建筑物、附着物等进行清理和拆除，确保土地恢复为可耕种的状态。
土地整理与改良
对土地进行平整、深耕细作，改善土壤结构，提高土壤肥力。可能需要进行土壤改良，如添加有机物质、矿物肥料等。
水资源管理
如果土地受到水资源的破坏，可能需要进行水资源管理，包括修复水体、建设水渠、防治水土流失等。
植被恢复
根据生态条件，重新种植或引入适宜的植物物种，以恢复土地的植被覆盖，稳固土壤、提供栖息地以及改善生态环境。
验收与登记
相关部门按照规定的标准对复耕后的土地进行验收，验收合格后，正式确认该土地复耕完成，并进行登记，明确土地的性质、用途等相关信息。
后续管理
进行适当的农田管理，包括耕作、施肥、病虫害防治等，以恢复土地的农业生产能力。
建议：
在复耕过程中，应确保遵循当地土地利用总体规划和相关政策法规，确保复耕工作的合法性和有效性。
加强与相关部门的沟通和协调，确保复耕工作的顺利进行。
在复耕过程中注重环境保护和生态恢复，确保复耕后的土地能够持续用于农业生产并改善生态环境。