合同索赔程序通常包括以下几个步骤：
提出索赔要求
索赔方应在知道或应当知道索赔事件发生后的一定时间内（通常是28天内）以书面形式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期提交，索赔方可能会丧失索赔的权利。
报送索赔资料和索赔报告
在正式提出索赔要求后，索赔方需要准备相关的索赔资料，并编写索赔报告。索赔报告应详细说明索赔理由和要求，并附上必要的记录和证明材料。如果索赔事项的影响持续存在，索赔方需要每隔一段时间（通常是28天）报送补充资料，并在索赔事项结束后提交最终索赔报告。
协商解决索赔问题
索赔方和对方应通过友好谈判协商解决索赔问题。协商应基于工程项目的合同文件，双方自愿互让互谅，以达成解决方案。
调解
如果双方无法通过协商解决问题，可以根据施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以由双方信任的个人（如工程技术专家、律师、估价师等）或专门的组织（如工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等）担任。调解人会在了解各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，调解即告完成。
诉讼
如果协商和调解均无法解决索赔问题，一方可以向有管辖权的法院提起诉讼。在诉讼过程中，索赔方需要充分阐述自身的观点和提供有力的证据支持，最终等待法院的裁决。
建议在实际操作中，各方应严格按照合同条款和相关法律法规的规定进行索赔，确保索赔程序的合法性和有效性。