公司合并的基本程序主要包括以下几个步骤：
董事会制订合并方案
董事会首先需要制定公司合并的方案，明确合并的原因、目的、合并后各股东的权益、合并后公司章程和财产及债务承继等问题。
签订公司合并协议
合并各方（即参与合并的各个公司）需要签订书面的合并协议，协议内容应包括公司的名称与住所、合并后存续公司或新设公司的名称与住所、合并各方现有的资本及其处理方法、债权债务的处理方法、公司章程的变更等内容。
编制资产负债表和财产清单
合并各方应真实、全面地编制资产负债表和财产清单，以反映公司的财产状况，不得隐瞒债权、债务。
合并决议的形成
公司合并决议需要由公司股东会或者股东大会作出，有限责任公司需经代表三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司需经出席会议的股东所持表决权三分之二以上通过，国有独资公司需由国有资产监督管理机构决定或审核后报本级人民政府批准。
向债权人通知和公告
公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。通知和公告的目的是告知公司债权人，以便他们作出决定，对公司的合并是否提出异议。
办理公司合并登记
合并登记分为解散登记和变更登记。解散的公司应当到工商机关办理注销登记手续；存续公司应当到登记机关办理变更登记手续；新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。
清产核资和财务审计（如适用）：
企业采取合并形式进行改制的，应对被合并方企业的各类资产、负债进行全面、认真的清查，以核实债权、债务关系及财产清单。涉及国有企业合并的，还需聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计。
资产评估（如适用）：
国有企业合并过程中转换成股份制企业的，需要进行资产评估，以防止国有资产流失。
政府批准（如适用）：
如果合并需要取得主管机关审批的，则需要取得其批准，如股份有限责任公司的合并必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。
这些步骤确保了公司合并过程的合法性和透明性，保护了各方利益，并确保了合并后公司的顺利运作。建议在实际操作中，根据具体情况和法律法规的要求，逐步推进每个步骤，确保合并过程的顺利进行。