一般程序又称 普通程序，它是环境执法主体作出处罚决定所应经过的正常的基本程序。这种程序手续相对严格、完整，适用最为广泛。其主要步骤包括：
立案：
立案应当填写专门形式的《立案报告表》，立案后应指派承办人员负责案件的调查工作。
调查取证：
调查取证是案件承办人员对于案件事实调查核实、收集证据的过程。根据《行政处罚法》的规定，环境行政主体在调查或者依法进行检查时，执法人员不得少于两人，并应向当事人或有关人员出示证件。环境执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。环境执法人员应全面、客观、公正地调查、收集有关证据，并可以采取抽样取证的方法；在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并在7日内及时作出处理决定。
审查调查结果：
调查终结后，案件承办人员应提出有关事实结论和处理结论的书面意见，由环境行政主体负责人审查批准。对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，环境行政部门的负责人应当集体讨论决定。在决定作出之前应依法向当事人履行告知义务，并听取当事人的陈述和申辩。
此外，一般程序也是行政处罚中最基本的程序，除法律另有规定的以外，任何行政处罚决定都必须适用这一程序。