外商投资管理程序主要包括以下几个阶段：
准入阶段
负面清单审查：外商投资行业限制主要包括市场准入负面清单制度和《外商投资准入负面清单》。新设立外资企业不需要在设立时向商务委申报审批，而是通过“一窗通”系统直接填报信息报告，由市场监管部门按照准入要求直接登记。若审查不符合负面清单规定，则不予办理许可、企业登记等相关事项。
前置审批程序判断：
是否涉及项目核准、备案，如果是，则需国务院、发展改革委核准或备案。
是否涉及负面清单，如果是，判断其类别（禁止类：不得投资；限制类：商务部或市场监管部门核准）。
是否涉及前置性行业准入许可，则需行业主管部门批准。
其他审批程序包括国家安全审查及反垄断审查。
设立阶段
名称核准登记：项目单位在《项目申请报告》或可行性研究报告批准后，向工商部门申请对拟设立的企业核准名称。
报批企业合同、章程：项目单位报批企业合同、章程，并领取批准证书。
申领设立外商投资企业的批准证书：完成上述步骤后，项目单位需申领设立外商投资企业的批准证书。
办理工商注册登记：在获得批准证书后，项目单位需办理工商注册登记，并取得营业执照。
办理组织机构代码手续：在工商注册登记后，项目单位需办理组织机构代码手续。
办理用地手续：根据企业经营范围，项目单位需办理用地手续。
办理外汇登记手续：项目单位需办理外汇登记手续。
银行开户：项目单位需开设银行账户。
税务登记：项目单位需进行税务登记。
其他相关手续：可能还需要办理统计、财政管理登记等手续。
后续管理阶段
合规经营：外商投资企业需遵守中国的法律法规，依法经营。
税务申报：定期进行税务申报和缴纳。
外汇管理：遵守外汇管理规定，进行外汇收支申报和结算。
年检和报告：按照相关法规进行年检，并定期向相关部门报告经营情况。
以上是外商投资管理程序的主要步骤和注意事项。具体流程可能会因地区和行业而异，建议在实际操作中咨询当地商务部门或专业律师以获取详细指导。