小额发票入账程序主要包括以下几个步骤：
确认收入
根据实际收入确认收入，并在“主营业务收入”或“其他业务收入”科目进行核算。
开具发票
小微企业开具发票时，需要根据业务类型选择合适的会计科目。例如，采购货物通常计入“库存商品”科目，接受的服务则可能记入“管理费用”或“销售费用”等。
入账
收到发票后，将其归入“应收账款”科目。根据发票金额，借记“应收账款”，贷记“主营业务收入”或“其他业务收入”科目。若涉及到税费，还需借记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目，贷记“主营业务收入”或“其他业务收入”科目。对于进项税额，如果是小规模纳税人，则按简易计税方法核算，不需要抵扣。
结转成本 （如适用）：根据销售商品的数量、单价等信息，结转成本。借：主营业务成本或其他业务成本，贷：库存商品。
税务申报
根据税务部门的规定，小规模纳税人需要按照一定的时间周期，向税务部门申报销售额和销售税额。在申报时，需要填写相关的申报表格，并按照要求缴纳相应的税款。
对账核对
定期对账核对发票开具和登记的情况，确保发票的准确性和完整性。
结账
将“应收账款”科目余额转入“本年利润”科目。年度结束时，根据实际收到的款项，借记“银行存款”科目，贷记“应收账款”科目，完成整个开发票的做账流程。
电子发票入账（如适用）：
纳税人可在电子发票服务平台系统进行发票入账操作，防范电子发票重复入账归档的危险。具体操作步骤包括登录电子税务局，选择发票入账标识，输入查询信息，选择入账用途，提交入账等。
请注意，以上步骤和分录示例是基于一般情况，具体会计处理可能因企业实际情况和当地税务部门的规定有所不同。建议在实际入账时，咨询当地税务部门或专业会计师以确保合规性。