股东变更税务流程如下：
前期手续
股东变更需通过股东大会决定并修改公司章程，履行合法手续。
准备变更材料
准备股东大会决议、修改后的公司章程、法定代表人签名及身份证件印章、变更股东的身份证和持股情况、公司申请等。
工商变更登记
将上述材料带到工商登记机关，办理营业执照变更，拿到新的营业执照，并需有股权变更通知书。
税务部门提交申请
携带相关材料向税务部门提交变更申请，包括工商营业执照变更和股权变更的材料。
缴税
根据变更情况，需缴纳个人所得税、印花税和企业营业所得税。个人溢价转让股权需缴纳个人所得税，企业法人需缴纳企业所得税，股权转让双方还需交纳万分之五的印花税。
完成税务变更
缴纳税款后，税务部门会很快登记税务变更。
其他相关手续
根据实际情况，可能还需要办理外汇管理等其他相关手续。
建议在办理股东变更时，详细咨询当地工商和税务部门，确保流程顺利进行。