商品房和小产权房的主要区别如下：
法律地位
商品房：商品房是指由国家批准建设，并可以办理房产证的房产，其买卖受到国家法律的保护。
小产权房：小产权房没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，国土房管局也不会给购房合同备案，买卖不受法律保护。
产权证明
商品房：商品房可以办理房产证，由房管局负责产权登记，购房人拥有完整的产权。
小产权房：小产权房不能办理房管局制作的房产证，仅由乡镇政府或村委会发放的产权证书，这种证书不是真正的产权。
土地使用权
商品房：商品房的土地使用权是国家机关（如国土资源局）批文登记备案的，可以办理抵押等手续。
小产权房：小产权房的土地使用权没有经过国家批准，也没有进行正式的登记备案，因此不具备合法的转让、抵押等权利。
交易与转让
商品房：商品房的买卖受法律保护，可以在市场上自由交易，并且可以办理按揭贷款或公积金贷款。
小产权房：小产权房由于没有合法的土地使用权和预售许可证，其交易不受法律保护，且不能办理贷款，只能一次性或分期付款。
拆迁补偿
商品房：商品房在拆迁时，购房人可以获得政府的拆迁安置补偿。
小产权房：小产权房在拆迁时，由于不具备合法产权，一般无法获得政府的拆迁补偿。
法律风险
商品房：购买商品房是受法律保护的，购房人享有房屋的所有权及相关权益。
小产权房：购买小产权房存在很大的法律风险，因为其产权不受法律保护，一旦发生纠纷，购房人的权益无法得到保障。
综上所述，商品房和小产权房在合法性、产权证明、土地使用权、交易与转让、拆迁补偿及法律风险等方面存在明显的区别。购买商品房是较为安全的选择，而小产权房虽然价格较低，但存在诸多风险，应谨慎对待。