本堂瑛祐在《名侦探柯南》中的出场集数如下：
1. 第429集《已经回不去的两人（前篇）》
2. 第430集《已经回不去的两人（后篇）》
3. 第446集《被封印的洋窗（上集）》
4. 第447集《被封印的洋窗（下集）》
5. 第462集《黑暗组织的阴影 幼小的目击者》
6. 第463集《黑暗组织的影子 奇妙》
7. 第464集《黑暗组织的影子 谜样的高额报酬》
8. 第465集《黑组织之星 珍珠流星》
9. 第484集《黑色照片的行踪（前篇）》
建议观看时参考以上集数，以获取本堂瑛祐出场的完整记录。