《最后的99天》是一部以解放战争为背景的谍战电视剧，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟——共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间展开的殊死搏斗。
剧情背景
时间：解放战争进入最后阶段，距新政协预定的会期还有99天。
主要场景：上海、武汉、香港。
主要人物
肖昆（张涵予 饰）：共产党人，上海地下党成员。
肖鹏（段奕宏 饰）：国民党军官，肖昆的同父异母兄弟。
陈安：国民党特务，后叛变。
储汉君：储兰云的父亲，肖昆的导师。
储兰云：储汉君的独生女，后与陈安结婚。
廖云山：特派员，负责监视和保护储汉君。
章默美：储汉君家的保姆的女儿，后成为肖昆的恋人。
贾程程：资料员，后成为肖鹏的恋人。
剧情发展
火车上的背叛：
武汉开往上海的火车在即将到达上海时突然停车，陈安被肖鹏枪口顶住并叛变，透露出与储汉君的特殊关系。
家庭与情感的纠葛：
陈安与储兰云的婚事引起储兰云的反感，储兰云实际上对肖鹏有感情，而陈安则是储汉君的亲生儿子。
储兰云在婚礼前夕发现真相，决定反抗，最终选择自杀。
政治与信仰的抉择：
肖昆和章默美在艰难时局中相爱，决定共同面对未来。
肖鹏在婚礼上向储兰云坦白自己的真爱是贾程程，并在储兰云中弹后，向廖云山开枪，最终牺牲。
任务的完成：
肖昆和章默美成功护送储汉君等民主人士逃离香港，改道大连，最终到达解放区。
结局
肖昆和章默美在香港相爱并返回解放区。
肖鹏在保护储兰云的过程中牺牲，储兰云中弹身亡。
新政协会议顺利召开，新中国即将成立。
《最后的99天》通过一系列紧张刺激的情节，展现了革命年代地下党人员的英勇与智慧，以及他们在爱情、家庭和政治信仰之间的纠葛与抉择。