黄河流域生态治理存在的问题主要包括：
水土流失严重
土地、资源开发未得到有效遏制，农林草业用地比例失调。
超载放牧导致天然草地破坏，草地资源退化。
滥垦滥伐导致天然林破坏，植被建设难度大、进展缓慢。
治理工作进展缓慢
投入不足，黄土高原地区仅对约40%的水土流失面积进行了初步治理。
现有治理措施标准低、工程不配套，整体防护作用难以有效发挥。
开发与保护的矛盾尖锐
中西部地区开发建设加快，对生态环境的压力增大。
水土保持项目监测工作滞后，监测手段落后，科技含量低。
水资源短缺
黄河流域人均水资源量低，水资源开发利用率超过国际公认的警戒线。
水资源利用挤占生态流量，导致水环境自净能力下降。
水污染问题
主要污染指标为氨氮、化学需氧量和五日生化需氧量，部分河段水质降至劣V类。
水沙治理问题
黄河是世界上输沙量最大的河流，河道淤积严重。
水沙异源，时空分布不均等因素影响河道淤积。
水生态系统退化
湿地结构变化明显，自然湿地减少，人工湿地增加。
经济发展与生态保护的矛盾
黄土高原地区生态系统与经济基础薄弱，防治水土流失和发展经济任务艰巨。
水风险问题
下游防洪任务艰巨，堤防需不断加高以应对可能的洪峰流量。
其他问题
生态修复紧迫，水环境防治需升级，文化保护体系尚未形成。
以上问题反映了黄河流域在生态保护和治理方面面临的挑战。