增值税发票的发票联和抵扣联的主要区别在于它们的用途和功能：
发票联
用途：记录进货及付款方面的凭证，作为购货方记账的依据。
功能：作为购物的凭证，直接交给购货方，用于日常的会计记录和账务处理。
抵扣联
用途：用于去税务局认证后抵扣增值税销项税。
功能：购货方在认证抵扣联上的进项税金后，可以用于抵扣应交的增值税额，从而减少应缴纳的税款。
总结：
发票联主要是购货方的记账凭证，用于记录日常进货和付款情况；而抵扣联则是购货方用于抵扣增值税销项税的凭证，需要在税务局认证后才能使用。这两联在税收管理过程中起着不同的作用，确保了税收的合法性和真实性。