公路局和交通局的区别主要体现在以下几个方面：
职能方面
公路局：主要负责相关地区公路的交通规费、征稽管理、规划建设与保养维护等。目前，国内正在推行管养分离，即管理和养护分离，养护实行企业化运作。
交通局：负责公路、水运港口及航道、地方铁路的运输行业管理、交通规费、征稽管理、规划建设与保养维护等。个别地区实行大交通管理，把铁路和民航也纳入其中。
单位属性
公路局：属于行政机关，是处级事业单位。
交通局：属于行政单位，是公务员编制。
隶属机构
公路局：是交通局的下属单位，受交通局领导。
交通局：是交通行政管理部门，负责本地区交通行政管理，属于市政府直接领导的一级单位。
管理方式
公路局：在事业单位改革中，公路局的管理职能和养护职能已经分离，养护实行企业化运作。公路局主要负责公路建设的计划、养护、路政管理等。
交通局：作为地方政府组成部门，人财物归属地方政府，由地方政府按照实际需要统筹管理。交通局负责更广泛的交通管理工作，包括城市交通规划与管理、农村道路和城市道路的修建和维护等。
总结：
公路局主要负责公路的具体建设和养护工作，隶属于交通局的领导，并作为其下属事业单位。而交通局则是更宏观的交通行政管理部门，负责整个地区的交通运输规划、管理和服务，包括公路、水运、铁路等多种交通方式，并且是公务员编制的行政单位。