庆帝杀害叶轻眉的原因是多方面的，主要包括以下几点：
巩固皇权：
叶轻眉成立了监察院和国库，拥有至高无上的权力，这对皇权构成了威胁。庆帝为了巩固自己的帝位，不得不杀掉叶轻眉。
自身安全：
叶轻眉手上有个举世无双的武器——五竹，一个拥有与世界匹敌力量的机器人。庆帝为了自己的人身安全，决定杀掉叶轻眉。
神庙信仰：
在《庆余年》的时代，神庙被视为至高无上的存在。叶轻眉从神庙逃出来，并带走了五竹和一些武器，成为最特殊的存在。为了维护神庙的信仰，庆帝选择杀死了叶轻眉。
思想背离：
叶轻眉拥有现代思想，希望建立一个人人平等的世界，这与封建社会的皇权至上、神权至上的思想相违背。庆帝认为叶轻眉的思想是谋反，最终决定将她除去。
高傲与嫉妒：
庆帝是一个心机深沉、高傲的人，他无法接受一个比自己强很多的叶轻眉存在。叶轻眉的帮助让他登基成功，但也让他心生嫉妒和恐惧，最终选择将她杀死。
权力斗争：
叶轻眉的势力日益壮大，庆帝感到自己的权力受到了威胁。为了消除这个威胁，他选择了用最极端的方式——杀死叶轻眉。
综上所述，庆帝杀害叶轻眉的原因是多方面的，既包括巩固皇权、维护自身安全，也包括思想背离、高傲与嫉妒，以及权力斗争等因素。这些原因共同促使庆帝做出了这个残酷的决定。