南京理工大学的王牌专业包括：
兵器科学与技术：
在第四轮和第五轮学科评估中获得了A+评级，且在第五轮评估中名列全国第一。
化学工程与技术：
在第五轮学科评估中获得了A评级。
软件工程：
在第五轮学科评估中获得了A评级。
光学工程：
在第五轮学科评估中获得了A评级。
管理科学与工程：
在第五轮学科评估中获得了A评级。
武器系统与工程：
该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业。
自动化：
该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业。
机械工程：
该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业。
电子信息工程：
该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业。
材料科学与工程：
该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业。
建议：
兵器科学与技术和 化学工程与技术是南京理工大学的顶级王牌专业，适合对相关专业有浓厚兴趣的学生报考。
软件工程、 光学工程和 管理科学与工程也是该校的强项，具有较高的学科评估等级，适合多方面发展的学生。
武器系统与工程、 自动化、 机械工程、 电子信息工程和 材料科学与工程等专业就业前景广阔，适合希望进入相关行业的学生。