小规模纳税人在免征增值税时的会计分录如下:
借:应收账款(或银行存款、库存现金等科目)
贷:主营业务收入
应交税费--应交增值税
借:应交税费--应交增值税
贷:营业外收入--补贴收入
总结起来,小规模纳税人在确认收入时,需要将主营业务收入和应交增值税记入相应的会计科目;在免征增值税时,则将应交增值税转入营业外收入。这种处理方式符合相关税法规定,并且能够准确反映企业的财务状况和税务义务。