签注和通行证的区别主要体现在以下几个方面：
性质与功能
通行证：是出入境部门签发的旅行证件，用于证明持有人的身份和允许其出入境。通行证的有效期一般为五年，签注的有效期限则有多种，包括3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次等。
签注：是附注在通行证上的审批，限制持证者前往某地或停留的期限。签注的作用是允许持证人在通行证有效期内按照规定的次数和停留时限往来特定地区。
办理条件与申请方式
通行证：通常需要申请人提供身份证明及相关证明材料，如身份证、户口本等，并满足一定的办理条件，如持有有效护照或其他国际旅行证件。
签注：申请签注通常需要前往中国驻外使馆或领事馆，并提供相关证明材料，如邀请函、工作证明等，满足特殊的签证条件。
使用与更新
通行证：在有效期内可多次使用，每次使用需搭配相应的签注。如果签注过期或通行证失效，将影响出入境，需要及时续签或重新申请。
签注：签注的使用次数和停留期限在签注上明确标注，过期后需要重新申请新的签注。
地域性
通行证：通常适用于中国内地居民因私往来香港或澳门地区，或其他特定地区的旅行。
签注：根据不同的签证类型，适用于不同的出入境目的和停留期限，如探亲、商务、团队旅游、个人旅游等。
总结：
签注和通行证共同构成出入境的完整许可，通行证是身份证明文件，签注是通关文书。签注依附在通行证上，限制持证者的出入境次数和停留期限。两者在性质、功能、办理条件、申请方式和使用上均有明显的区别。