《名侦探柯南》的结局存在多个版本，以下是几种主流的说法：
大团圆结局
柯南成功破解了神秘组织，并揭示了幕后BOSS的身份。
柯南服用了解药，变回了新一，并与小兰重逢。
灰原哀没有吃下解药，选择留在博士身边，希望抹去过去。
毛利小五郎继续以名侦探的身份生活，推理能力依旧出色。
悲剧结局
在一次激战中，毛利兰为救柯南挡下了致命一击，最终不幸身亡。
柯南为了给小兰报仇，联合基德、灰原哀和FBI一同对抗黑衣组织，并最终战胜组织。
柯南在恢复身份后，与小兰在一起，但小兰已经不在人世。
意外结局
柯南在最终决战中未能彻底消灭黑衣组织，导致黑衣组织逃脱。
柯南为了亲手抓住黑衣组织，追出了日本，并在临别时向小兰坦白了自己的身份。
小兰在得知柯南的真实身份后，虽然感到震惊和喜悦，但最终还是选择离开，让柯南继续追寻黑衣组织。
灰原哀偷偷跟随柯南到国外，暗中帮助他。
完美结局
阿笠博士实际上是黑衣组织的首脑DOC.LEE，而毛利小五郎是隐形超人，一直在暗中侦查黑衣组织。
新一和小兰最终在一起，没有发生任何牺牲。
柯南的解药是爱情的力量。
综合以上信息，最主流和广为接受的结局是 大团圆结局，其中柯南变回新一，与小兰重逢，并且灰原哀选择留在博士身边。这个结局给多年的粉丝带来了满意的答复，也符合青山刚昌之前的透露和采访内容。