《仙剑奇侠传三》游戏的剧情主要围绕飞蓬、重楼、景天、雪见、徐长卿、紫萱和龙葵等角色展开。故事背景设定在仙剑1的50年前，主要讲述了神将军飞蓬与魔尊重楼之间的冲突，以及飞蓬被贬下凡后的一系列冒险经历。
飞蓬与重楼的争斗
飞蓬和重楼因两界冲突频繁交手，两人实力相当，逐渐产生了相惜之情。
重楼提议在新仙界决斗，飞蓬最终答允。
决斗结果，飞蓬因分心被重楼打落人间，佩剑也落入人间。
飞蓬的转世与景天
飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门永安当铺的伙计景天。
景天在当铺工作，偶然结识了唐家堡大小姐唐雪见、蜀山派弃徒徐长卿及其恋人紫萱，以及魔剑宿灵龙葵。
寻找灵珠与锁妖塔
景天与同伴们协助蜀山寻找失散各地的五颗灵珠，以封印锁妖塔。
在寻找过程中，他们与邪剑仙等敌人不断斗争。
主要角色关系与成长
景天与雪见在一系列事件中逐渐产生感情，成为欢喜冤家。
徐长卿与紫萱有着复杂的感情纠葛，最终紫萱为救长卿牺牲。
龙葵是魔剑的宿主，经历了从纯真到被邪剑仙利用再到最终觉醒的过程。
最终决战与结局
重楼为了寻找飞蓬，来到人间，并与景天发生冲突。
景天在众人的帮助下，最终战胜重楼，恢复了魔剑的封印，并阻止了邪剑仙的阴谋。
故事以景天和雪见的幸福生活结束。
整个剧情充满了奇幻色彩和冒险精神，角色之间的情感纠葛和成长历程也深受玩家喜爱。