同一控制下的企业合并与非同一控制下的企业合并的主要区别体现在以下几个方面：
定义与性质
同一控制下的企业合并：指的是参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制，且这种控制不是暂时性的。这种合并可以视为两个或多个企业权益的重新整合，不会造成企业集团整体经济利益流入和流出的变化，相关交易事项不能作为出售或购买来处理。
非同一控制下的企业合并：指的是参与合并的各方在合并前后不受同一方或相同的多方最终控制，即它们之间缺乏直接控制关系，财务报表也互相独立。这种合并是独立实体之间的交易，需要分别报告和处理。
会计处理
同一控制下的企业合并：合并方应按照被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值份额作为长期股权投资的初始投资成本。差额部分调整资本公积，不足冲减的调整留存收益。
非同一控制下的企业合并：购买方应按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本，这包括付出的资产、发生或承担的负债以及发行的权益性证券的公允价值计量之和。差额部分计入当期损益或留存收益。
财务报表的编制
同一控制下的企业合并：由于合并前后实体均受同一方控制，合并财务报表可以合并为一个单位进行报告，不需要进行额外的调整。
非同一控制下的企业合并：由于合并各方在合并前后不受同一方控制，财务报表需要分别编制，不能合并为一个单位进行报告。
经济实质
同一控制下的企业合并：实质上是同一集团内部企业财产与资源的重新分配，不会改变最终控制方实际控制的经济资源。
非同一控制下的企业合并：是不同企业之间的合并，合并后形成新的独立实体，经济资源发生了转移和重组。
总结：
同一控制下的企业合并主要涉及同一集团内部企业之间的权益整合，会计处理上以账面价值为基础进行调整，财务报表可以合并；而非同一控制下的企业合并涉及不同企业之间的交易，会计处理上以公允价值为基础，财务报表需要分别编制。这两种合并方式在定义、会计处理和财务报表编制上均有显著差异。