股权转让印花税的计税依据是 产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款。具体来说，根据《财政部 税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2022年第22号），在转让股权时，印花税的计税依据应按照产权转移书据上明确列出的金额来确定，这里所指的金额是不包含已经实际出资但尚未完成实缴的部分。
此外，如果股权转让协议中明确列出了股权转让的总金额，则直接按照这个总金额乘以相应的税率（如万分之五）来计算印花税。如果协议中没有明确列出总金额，则可能需要根据实际结算的金额来确定计税依据，或者在没有其他依据的情况下，可以参照市场价格来进行计算。
综上所述，股权转让印花税的计税依据明确为产权转移书据上所列的金额，不包括任何已认缴但尚未实际出资的部分，且计算时无需考虑增值税税款。