黄帝故里拜祖大典的流程主要包括九项仪程，具体如下：
盛世礼炮
时长约2分钟，炮鸣21响，代表对人文始祖的崇敬之情。
敬献花篮
时长约10分钟，共九个花篮，由不同代表敬献，表达对轩辕黄帝的尊崇和对未来美好的祝愿。
净手上香
时长约8分钟，共设九炷香，由香港、澳门、台湾和海外优秀华夏儿女代表净手上香，表达对始祖黄帝的怀念和对中华儿女生生不息、枝繁叶茂的祝福。
共拜始祖
时长约1分钟，所有来宾面向始祖黄帝像行三鞠躬礼，这是祭祀或缅怀先人的通用做法。
恭读拜文
时长约7分钟，由主拜官代表中华儿女颂始祖功德，向始祖反映时代发展的成果，以求祖先的庇佑。
高唱颂歌
时长约5分钟，由著名歌星带领统一着装的男女青年和小学生一起高唱《黄帝颂》歌，表达对黄帝的崇敬和祝福。
乐舞敬拜
时长约5分钟，包括两千年前的汉代乐舞盘鼓舞和郑地的古调《诗经•郑风•子衿》，通过乐舞敬拜始祖。
祈福中华
时长约5分钟，拜祖台中心展开一幅奔腾不息的黄河画卷，来自社会各界的祈福嘉宾手持吉祥祝福印章在画卷上盖印，并向黄帝敬奉来自河南的黄土、云南的红土、新疆的白土、辽宁的黑土、安徽的青土“五色土”和藜、稷、菽、麦、稻“五谷”。
天地人和
时长约5分钟，在拜祖广场上释放和平鸽和心愿气球，随着巨幅红底黄字“天地人和”渐渐呈现，典礼结束。
此外，大典还将同期举办网上拜祖和境外拜祖，线上与线下结合，现场拜祖与境外“同拜”互动，以扩大大典的影响力和参与度。