农村合作医疗（简称新农合）与社保（包括城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险等）之间存在冲突，主要体现在医疗保险部分。具体表现如下：
不能同时享受待遇：
个人在同一时间不能同时享受农村合作医疗和社保的医疗保险待遇。即使同时缴纳了两份保险的保费，也只能选择其中一种进行报销。
选择参保的建议：
建议选择停缴农村合作医疗，以减轻保费负担并享受更为全面的社保保障。社保不仅包含医疗保险，还涵盖了养老保险、工伤保险、失业保险和生育保险等多个方面，提供更为全面的保障。
重复参保的问题：
新农合与社保不能并存，如果同时参加，相当于花两次保险的钱，只能报销一次费用，不划算。
政策依据：
根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，新型农村合作医疗的管理办法由国务院规定，且不得重复参加具有相同或类似功能的医疗保险。
综上所述，农村合作医疗和社保在医疗保险方面存在明显的冲突，建议选择其中一种进行参保，以充分利用国家提供的医疗保障资源。