《神厨小福贵》的结局是 悲剧性的。尽管小福贵最终成功拿到了御赐的金厨具，成为了皇宫的御厨，但他失去了所有对他最好的朋友，包括他的爷爷、小飞蝶和豆芽菜。在老K的操控下，他的朋友们都离开了，让他感到孤独和绝望。最终，小福贵选择听从小飞蝶和豆芽菜的话，离开宫廷，回到民间寻找真情。
在离开之前，小福贵过五关斩六将，成功拿到了御赐的金厨具，却无法如愿救出爷爷，因为爷爷在听说他成为首席御厨时当场激动过度而猝死。小飞蝶在小李子的帮助下逃出了皇宫，临走前留给了小福贵一封书信，劝他不要在宫内久留。小福贵最终意识到自己只是政治的棋子，牺牲品之一而已，他苦苦寻找的爷爷早已不在人世时，他便选择离开暗潮汹涌的皇宫，和小彩蝶远走高飞。
全剧的结尾在小福贵策马奔腾，蝴蝶飞舞中落下剧幕，仿佛小飞蝶陪伴着他，给观众留下了深刻的印象和感慨。