玛雅文明的神秘消失至今仍是一个谜团，有多种理论和假说试图解释这一现象。以下是一些主要的理论：
自然灾害
长期干旱：研究表明，公元8至10世纪，玛雅文明遭受了长期的干旱、洪水和飓风等自然灾害，这些灾害导致人口减少、农业生产下降，进而引发政治和社会的不稳定。
气候变化：玛雅地区在公元820年左右开始遭受长达95年的断断续续的大旱，水源枯竭，农作物减产，社会陷入动荡。
战争和内部冲突
战争和贸易争端：历史记录显示，不同城邦之间经常发生战争和贸易争端，这些冲突可能导致人口减少和经济减缓，最终导致文明的崩溃。
外族入侵：考古学家在提卡尔遗址发现许多覆盖于岩石及崩坏的拱形屋顶之下的坟墓，未发现任何修复的迹象，附近神殿和宫殿的壁画也受到严重破坏，表明有外族入侵，玛雅人来不及抵抗便溃退了。
资源过度利用和环境破坏
土地耕作能力下降：随着人口增长和城市扩张，资源开采和过度利用变得越来越严重，导致土地的耕作能力下降，资源枯竭和环境破坏。
粮食不足：有学者认为，城内粮食不继，玛雅人在发觉此地无以维生后，进行了一次种族大迁徙，来到齐乾伊莎（Chichén Itzá）定居，但两个世纪后仍然灭亡。
疾病和人类活动
疾病传播：随着玛雅文明的扩大，人口密集度增加，疾病传播的可能性大大增加，尽管目前还没有直接证据表明疾病是导致玛雅消失的主要原因。
人类活动：玛雅人可能因为过度开发生态环境，导致土壤肥力下降，农业可持续发展遭到毁灭性打击。
外星文明和超自然现象
外星人杰作：有人认为玛雅文明是来自外星的文明，这一说法缺乏科学依据，但至今仍有部分人相信。
地心世界：有考古学家发现了一条玛雅人曾经挖的古隧道，推测他们可能通过隧道进入地心世界，但这一说法尚未得到科学证实。
尽管有多种理论试图解释玛雅文明的消失，但目前还没有一种假说能够完全解释这一复杂的历史现象。科学家们仍在通过考古、气候研究和DNA分析等方法，努力揭开玛雅文明消失的神秘面纱。