旗舰店、专卖店和专营店在多个方面存在明显的区别：
店铺定义
旗舰店：商家以自有品牌（商标为R或TM状态）或由商标权利人出具独占性授权入驻天猫开设的店铺。
专卖店：商家持他人品牌（商标为R或TM状态）授权文件在天猫开设的店铺。
专营店：经营天猫同一经营大类下两个及以上他人授权文件或自有品牌（商标为R或TM状态）商品的店铺。
品牌数量
旗舰店：1个（多品牌为邀约入驻）。
专卖店：1个（多品牌为邀约入驻）。
专营店：至少2个。
授权要求
旗舰店：品牌商直接授权的独占授权书。
专卖店：品牌商直接授权。
专营店：以品牌商为源头的授权链条（授权级数按照各类目的要求）。
经营主体
旗舰店：自由品牌企业（品牌必须由申请商店的企业或企业的法定代表人所有）。
专卖店：获得品牌所有者或公司授权的企业法人。
专营店：在中国大陆注册的公司法人。
业务范围
旗舰店：可以经营同一品牌、同一级别的所有产品，或经营多个品牌产品，每个品牌属于同一实际控制人。
专卖店：可以在授权品牌下经营同一类别的所有产品，也可以经营多个授权品牌产品，每个品牌属于同一实际控制人。
专营店：可以经营两个或两个以上他人品牌商品，也可以既经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个或两个以上自有品牌商品。
品牌资质
旗舰店：需要提供国家商标局发布的商标注册证或商标验收通知书，即商标必须注册。
专卖店：需要提供国家商标局颁发的品牌所有者出具的商标注册证书，以及开店企业提供的品牌所有者出具的正式授权书。
专营店：也需要提供品牌授权书，但授权书的要求可能因类目而异。
其他区别
商品来源：旗舰店的商品由品牌或其授权的第三方供应商提供；专卖店的商品由品牌方提供；专营店的商品通常由经过京东官方认证和授权的商家销售自己的产品。
售后服务：自营店由京东提供售后服务；旗舰店和专营店由品牌或商家自行提供售后服务。
店铺规模和面积：旗舰店的规模通常较大，面积也较广；专营店一般规模较小，专注于销售某一特定类型或品牌的商品。
商品定价和销售策略：旗舰店的定价可能相对灵活，提供更多的促销活动和选择；专营店的定价可能相对稳定。
客户体验和服务水平：旗舰店通常投入更多资源提供良好的客户体验和高水平的服务；专营店在进行精细化定位时也会注重客户体验，但可能不如旗舰店全面。
总结：
旗舰店是品牌厂商在平台上的官方店铺，通常由品牌自己或与京东合作的第三方商家运营，具有高品牌效应和消费者信任度。
专卖店是持他人品牌授权文件的店铺，通常只销售某一品牌的商品，适合拓展销售渠道和提升品牌影响力的品牌代理商或经销商。
专营店是经营多个品牌商品的店铺，可以同时销售他人品牌和自有品牌的商品，适合在特定领域或类别下提供专业服务。