出口退税申报系统操作流程如下：
准备工作
准备好所有必要的资料，包括报关单、发票、外汇核销单等。
外部数据采集
登录电子口岸执法系统，选择进入出口收汇选项，领取核销单申领。
凭申领过的电子口岸IC卡基《出口企业核销单介绍信》，前往外汇管理局领取纸质核销单，并进行备案。
办理报关手续，填写出口商品专用发票。
数据录入与确认
通过出口退税退免税申报软件进行数据录入，并打印两份提交至外汇局及出口单位。
在系统中录入出口商品专用发票信息，包括关单信息读入、发票信息读入等。
预申报与审核
进行企业交单，通过电子口岸执法系统选择进入出口收汇选项，进行网上核销申报。
取得预审反馈信息后，读入反馈信息，查询预审疑点反馈信息，如有错误则撤销申报数据并修改。
正式申报
再次进行一致性检查，生成明细申报数据进行正式申报。
将增值税申报表的有关数据录入系统，生成免抵退税汇总表，并进行一致性检查。
审核与反馈
提交正式申报后，等待国税局审核反馈信息。
根据反馈信息进行必要的调整，并重新提交申报数据。
退税申请与到账
准备出口退税纸质材料，带U盘到国税局申报。
等待国税局电话通知，携带退税批复及公司公章办理退税申请手续。
办理过退税手续后，银行将从国家金库里拨入账款至公司账户，完成出口退税。
建议：
在进行出口退税申报时，务必仔细检查所有录入的数据，确保信息准确无误。
及时关注国税局的审核反馈，以便及时进行必要的修改和补充。
保持与税务部门的良好沟通，确保申报流程顺利进行。