石蜡切片的主要步骤如下：
取材：
从动物中取得所需的组织样本，确保组织块大小适中，一般（1cm³），以便于固定液能够充分渗透。如果组织样本带有血液或其他体液，应先用生理盐水或PBS进行冲洗，以去除这些可能影响固定效果的物质。
固定保存：
将组织样本放入固定液中，常用的固定液有4%多聚甲醛溶液。固定液的量通常为组织体积的8-10倍，以确保组织能够充分浸入固定液中。固定时间根据组织类型和实验要求而定，一般室温（25°C）下固定18-24小时。
脱水：
去除组织中的水分，增加组织的透明度和硬度，便于后续的石蜡包埋和切片。使用酒精梯度脱水，步骤包括75%乙醇（1小时）→85%乙醇（1小时）→95%乙醇（1小时）→95%乙醇（50分钟）→100%乙醇（50分钟）→100%乙醇（50分钟），需要根据组织类型与大小调整脱水时间。
透明：
使用透明剂（如二甲苯）去除组织样本中的酒精，使组织样本变得透明。步骤通常包括二甲苯（Ⅰ）（30分钟）→二甲苯（Ⅱ）（30分钟），有时可能还需要一个额外的二甲苯步骤或根据组织类型和大小调整时间。
浸蜡：
在透明之后，组织需要被浸透在石蜡中。先把组织材料块放在熔化的石蜡和二甲苯的等量混合液浸渍1小时。先后移入2个熔化的石蜡液中浸渍1小时左右。
包埋：
以少许热蜡液将其底部迅速贴附于包埋盒内上，然后置于速冻台，让石蜡固定。
切片：
切片刀的锐利与否、蜡块硬度是否适当都直接影响切片质量，可将蜡块至于冷水中改变蜡块硬度。通常切片厚度为3-5um，用毛笔轻托轻放在37度水浴中展片。
贴片与烤片：
一般使用恒温水浴锅，温度控制在37-40℃左右，有利于石蜡切片的展开，贴好的切片置于60℃恒温箱内干燥2小时，蛋白质凝固后即可染色。
脱蜡及水化：
干燥后的切片置于二甲苯中进行脱蜡，然后依次使用从高浓度到低浓度递减的顺序进行经纯酒精、95%、85%、70%进行水化。
染色：
经典的苏木精和伊红：细胞核被苏木精染成紫蓝色，多数细胞质及非细胞成分被伊红染成粉红色。
观察保存：
最后，将染色后的切片进行观察和保存，制作成永久性显微玻片标本。
这些步骤确保了石蜡切片的制作过程能够有效地保存组织结构和细胞形态，便于后续的显微镜观察和研究。