部队中负责查手机的主要部门包括 公安部门和 部队相关部门。具体介绍如下：
公安部门
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百六十三条，公安机关在立案后，根据侦查犯罪的需要，可以采取技术侦查措施，其中包括检查手机。
部队相关部门
在部队中，手机的使用受到严格管理。领导查看手机称为点验，但一般不会频繁进行。如果手机使用过程中涉及到泄密等违反纪律的行为，将会进行检查。
部队可能会使用手机安检门等设备，在区域入口处检查是否有违规手机带入。
总结：
公安部门在刑事案件侦查中有权检查手机。
部队相关部门在部队内部管理和纪律要求下，对手机使用进行严格监督，并在必要时进行检查。
建议：
部队和公安部门在查手机时，应遵循相关法律法规和程序，确保合法、合规地进行。