在款项已支付但发票尚未到达的情况下，会计分录的处理如下：
支付款项时
借：预付账款
贷：银行存款
收到货物但未收到发票时
借：库存商品（不含可抵扣进项税额）
贷：预付账款-暂估
后期收到发票时
借：预付账款-暂估
借：应交税费-应交增值税-进项税额
贷：预付账款
这种处理方式确保了在发票到达之前，企业能够正确记录已支付的款项，并在发票到达后及时调整账目，以反映实际的交易情况。
建议
及时沟通：企业应与供应商保持沟通，确保及时获取发票，以避免长期挂账和潜在的税务风险。
暂估入账：在发票未到达时，及时进行暂估入账，以保证财务报表的准确性。
保留凭证：保留好所有相关的支付凭证和暂估入账记录，以便在需要时进行核对和调整。