斯托克斯位移是指 吸收光谱波峰（Ex）和荧光发射光谱波峰（Em）之间的峰位差值。荧光光谱与激发光谱相比，通常向能量较低的方向偏移（红移），这反映了两个光子能量的差值，主要是由于化学键旋转和振动的热损耗所致。
斯托克斯位移的原因可以归纳为以下几点：
非辐射能量转移：
当荧光物质分子吸收光能后，其电子从激发态（S1态）跃迁到基态（S0态）的过程中，部分能量以热或其他非辐射形式散失，导致发射光的能量低于吸收光的能量。
化学键振动和旋转：
在分子从激发态回到基态的过程中，化学键的振动和旋转等构象变化也会消耗能量，进一步导致发射光谱的波长向长波方向移动。
热损耗：
激发态分子在返回基态的过程中，与周围原子发生作用，部分能量以热能形式散失，这也是斯托克斯位移的一个重要原因。
斯托克斯位移的大小对荧光实验有重要影响。例如，较小的斯托克斯位移（如BODIPY染料）可能导致激发光和发射光波长过于接近，从而引发自吸收或内部光滤波效应，影响实验的准确性和信噪比。因此，在选择荧光染料时，了解其斯托克斯位移大小对于实验设计和优化至关重要。
总结：
斯托克斯位移是吸收光谱和发射光谱中最强波长间的差值。
它主要是由于非辐射能量转移、化学键振动和旋转以及热损耗所致。
斯托克斯位移的大小对荧光实验的选择和优化有重要影响。