程序违法案件的处理方式主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》和《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规。以下是处理程序违法案件的主要方式：
撤销或部分撤销判决
法院在审理过程中，如果发现被诉的具体行政行为存在违反法定程序的情形，可以判决撤销该具体行政行为，或者部分撤销该具体行政行为。
重新作出具体行政行为
在撤销原具体行政行为后，法院可以判决被告重新作出具体行政行为。但被告在重新作出具体行政行为时，不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的行为。
发回重审
对于程序违法案件，如果原审法院在审理过程中严重违反法定程序，例如遗漏当事人或违法缺席判决等，上级法院可以裁定撤销原判决，发回原审人民法院重新审判。
内部处理
对于法官程序违法的情况，法官通常会在法院内部接受相应的处罚，这可能包括警告、记过、降级、撤职等。
重新鉴定
在某些特定情况下，如涉及鉴定程序违法，法院可以判决重新鉴定。重新鉴定的条件包括鉴定程序违法、鉴定机构或鉴定人不具备资质、鉴定意见依据不足等。
责令改正
对于违反法定程序的行政处罚，上级行政机关或有关部门可以责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
证据调取与诉讼拖延
当事人应积极维护自身权益，合理申请调取关键证据，并注意诉讼时效，避免案件拖延。对于拖延案件，可以申请督促，确保案件得到及时处理。
综上所述，程序违法案件的处理方式多样，关键在于依法维护当事人的合法权益，确保司法公正和法律的正确实施。建议当事人及时咨询专业律师，以便更有效地维护自身权益。